Зарождение санитарного дела уходит своими корнями в XIX столетие. В 1866 году, в целях "пресечения эпидемий", Московский генерал-губернатор учредил временный "Комитет охраны народного здравия". И только 6 сентября 1884 г. ежегодно угрожавшие эпидемии все же заставили городскую Думу создать Временную исполнительную санитарную комиссию из 20 избранных Московской городской Думой санитарных попечителей и 20 назначенных городской управой санитарных врачей. Деятельность комиссии заключалась в принятии мер к устранению причин, могущих содействовать появлению и распространению холеры, а также других заразных болезней. Уже в 1885 году санитарной комиссии удалось добиться прекращения спуска нечистот в трубу Неглинной реки, улучшения очистки дворов, некоторого улучшения содержания ночлежек Хитрова рынка и коечных квартир Зарядья. 

Второй орган санитарного надзора Москвы - Городской санитарный совет обсуждал все вопросы, касавшиеся санитарного улучшения города и санитарной безопасности его населения. В его состав входили: Городской голова в качестве председателя совета, председатель исполнительной санитарной комиссии, член Городской управы, заведующий торговой полицией, три гласных городской Думы (в том числе, председатель комиссии общественного здравия), два участковых санитарных врача, начальник Врачебного управления, инспектор городских больниц, старший врач полиции, представители военного ведомства и санитарного надзора губернского земства. Одним из подлинных основателей городской санитарной организации с полным правом можно считать Ф.Ф. Эрисмана. По его инициативе и при его непосредственном участии в 1891 г. была создана первая городская санитарная станция при Гигиеническом институте Московского университета. Официальное открытие станции состоялось 15 февраля 1891 года. Сам Ф.Ф. Эрисман назвал это учреждение "аналитической станцией для исследования пищевых веществ и других предметов потребления".

Основными недостатками санитарной организации в дореволюционный период считали: отсутствие общегосударственной санитарной службы, ограниченность действий местных санитарных органов и разобщенность действий санитарных организаций. Дореволюционная страна не имела ни общего санитарного законодательства, ни общей санитарной организации. 15 сентября 1922 года Совет народных комиссаров издал Декрет "О санитарных органах республики", который определил их задачи, структуру, права и обязанности. Этот день считается Днем рождения Государственной санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации. Летом 1920 года, по заданию Московского Совета, Московская санитарная организация руководила массовыми мероприятиями по благоустройству Москвы, в частности, по восстановлению домовых линий водопровода и канализации. Московская санитарная организация принимала деятельное участие в организации первой Всероссийской сельскохозяйственной выставки, которая была устроена на месте известной с царских времен мусорной свалки. По окончанию выставки здесь был устроен первый в Советской стране парк культуры и отдыха.

Постановлением Президиума Московского Совета РКиКД от 2 марта 1932г. было утверждено положение и организована Государственная санитарная инспекция г. Москвы, находившаяся в ведении здравотдела Моссовета. Уже с первых дней работы Московской санитарной организации было широко развернуто санитарное просвещение с одновременным вовлечением самого трудящегося населения в борьбу за оздоровление Москвы. Эти методы помогли успешному проведению массовых кампаний, неделей "чистоты" и др. В 1935 году в Кировском районе города Москвы была организована первая санэпидстанция. Лишь через 15 лет, в 1950 году, создана городская санэпидстанция (в последующем Центр госсанэпиднадзора в г. Москве).

В 1950-1957 гг. происходит становление, сплочение и укрепление службы в систему единых учреждений в результате слияния учреждений городской СЭС, Городской Государственной санитарной инспекции и малярийной станции.

В 1951 году Московскую городскую санитарно-эпидемиологическую станцию возглавил Михаил Семенович Соколовский. В первые годы его деятельности была разработана, апробирована и внедрена новая форма организации работы специалистов, а именно участковый принцип. Работу на участке возглавлял санитарный врач, который совместно с врачами поликлиники и врачом-эпидемиологом выполнял комплекс санитарно-гигиенических и противоэпидемических мероприятий. Михаил Семенович особое внимание уделял организационно-методической деятельности санэпидстанций. Им была введена практика рассмотрения основных организационных вопросов на заседаниях коллегиальных органов. Будучи не только практиком, но и человеком с научным мышлением, педагогом-методистом по своей сути, Соколовский заложил прекрасную традицию, которая не нарушается и сегодня - ежегодное проведение научно-практических конференций. Именно в этот период формировались основные принципы единого планирования деятельности Службы. В 1954 году на базе межрайонного пункта обследования на бациллоносительство в Московской городской санэпидстанции была открыта первая бактериологическая лаборатория. Позже такие лаборатории были открыты еще в семи районных санэпидстанций. В том же 1954 году была создана и первая вирусологическая лаборатория. организованы эпидемиологическая, бактериологическая и вирусологическая лаборатории, организационно-методический отдел, создавались и другие подразделения.

Таким образом, можно сказать, что в первой половине 50-х годов была создана санитарно-эпидемиологическая служба Москвы с сетью учреждений, введена единая система планирования и, что особенно важно, образован единый методический центр - Московская городская санэпидстанция.

В 1957 г. под руководством М.С. Соколовского по адресу Графский переулок, 4/9 строится новое здание Московской городской санэпидстанции. М.С. Соколовский первый предпринял попытку образования единого научно-учебно-практического комплекса. Размещение в одном здании Московской городской санэпидстанции и кафедр санитарно-гигиенического факультета Центрального института усовершенствования врачей позволило реализовать идею проведения учебной, научно-методической и научно-практической работы.

В 1957-1991 гг. происходит организация специализированных структурных подразделений, позволяющих проводить специализированные исследования по профилям основных направлений деятельности санэпидслужбы. Были созданы и оснащены лаборатории гигиенического профиля (школьной и радиационной гигиены), санитарного профиля (санитарной токсикологии, санитарной акустики, лаборатории для исследования ядохимикатов и новых строительных материалов, физико-химическая лаборатория). Итогом деятельности М.С. Соколовского были: создание современной материально-технической и лабораторной базы, а также структурно-организационное совершенствование санитарно-эпидемиологической службы города. В последующие годы Московскую городскую санэпидстанцию возглавляли следующие главные врачи:

Такая реорганизация позволила привести структуру построения Госсанэпидслужбы Москвы в соответствие с измененным в начале 90-х годов административно-территориальным делением города. Городская санитарно-эпидемиологическая станция была преобразована в Центр Госсанэпиднадзора в городе Москве. С 1992 года по 2005 год Главным врачом ЦГСЭН в г. Москве, Главным Государственным санитарным врачом по г. Москве был Филатов Н.Н.

Городская санитарно-эпидемиологическая служба заняла ведущие позиции в деле охраны здоровья населения Москвы, выполняя целый ряд функций - от проведение современных лабораторных исследований до организационно-методической работы по вопросам обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия в городе; стала базовым центром в системе последипломной подготовки врачей медико-профилактического профиля.

В ходе дальнейшей реорганизации Центра на основании распоряжения Правительства РФ от 13 января 2005г. №23-р было создано Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве», которое явилось правопреемником Центра Госсанэпиднадзора в городе Москве. Главным врачом ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» был назначен Иваненко А.В.