В Московском городском Центре госсанэпиднадзора в 1988 г.  был создан отдел санэпиданализа, руководство которым было возложено на Волкову Инну Федоровну, заслуженного врача Российской Федерации,  ветерана ВОВ (житель блокадного Ленинграда).

В 1995 году во исполнение Распоряжения Премьера Правительства Москвы от 13.06.95 г. № 552-РП "Об организации и внедрении социально-гигиенического мониторинга в г. Москве", которым Центр Госсанэпиднадзора в г. Москве определен головной организацией по внедрению и ведению системы СГМ в городе Москве, отдел санэпиданализа был переименован в отдел социально-гигиенического мониторинга и компьютерных технологий, соответственно изменена организационно-штатная структура.

Важным моментом организационного периода СГМ в городе Москве и в административных округах было юридически-правовое закрепление форм его ведения и межведомственная координация на уровне Постановлений Правительства Москвы, Префектов административных округов, утверждение комплексных планов мероприятий по ведению мониторинга и других организационно-распорядительных документов.

В ходе реализации I и II этапов системы социально-гигиенического мониторинга сформированы и продолжают пополняться и актуализироваться базы данных показателей СГМ с 1999 год в целом по Москве и административным округам для передачи в Федеральную базу данных СГМ.

Отработано межведомственное взаимодействие учреждений госсанэпидслужбы с Департаментом здравоохранения города Москвы, Департаментом природопользования и охраны окружающей среды, ГПУ «Мосэкомониторинг», ГУ «МосЦГМС-Р», МГУП «Мосводоканал», МНПО "Радон", Мосгорстатом и другими организациями по представлению информации о состоянии объектов окружающей среды и здоровья населения.

При осуществлении социально-гигиенического мониторинга совершенствовалось научно-методическое обеспечение с участием ученых ведущих НИИ гигиенического и эпидемиологического профиля. Подготовлены и изданы многочисленные методические рекомендации, информационно-аналитические письма и пособия с применением новейших научных разработок для специалистов госсанэпидслужбы.

Для определения приоритетных факторов, влияющих на здоровье, и выявления приоритетных проблем на территориях города, групп риска используется методология оценки риска здоровью населения от загрязнения окружающей среды, как ведущий инструмент выявления комплексных и многофакторных воздействий загрязнения среды обитания на человека.

Внедрение методологии оценки риска в условиях города Москвы было осуществлено при проведении совместных научно-практических работ с учеными-экспертами ГУ НИИ экологии человека и гигиены окружающей среды им. А.Н. Сысина РАМН, Кафедры коммунальной гигиены Российской медицинской академии последипломного обучения Минздравсоцразвития РФ.

На протяжении ряда лет оценивается вероятность возникновения ущерба здоровью населения, как в реальных условиях, так и при возникновении неблагоприятных санитарно-экологических условий, связанных с лесными пожарами, горением торфа и другими погодными условиями.

Органом по оценке риска выполнены ряд научно-практических работ, среди которых особенно значимы для хозяйственной деятельности Правительства Москвы, оценка вклада выбросов топливно-энергетического комплекса в загрязнение атмосферного воздуха и риск здоровью населения столицы.

Одним из важнейших разделов СГМ является мониторинг инфекционной заболеваемости. Ежегодно в Москве регистрируется до 3 млн. случаев инфекционных заболеваний. В условиях крупного промышленного города с населением более 10 млн. человек, организация эффективного эпидемиологического надзора за инфекционными заболеваниями приобретает особуюе эпидемическим процессом (надзор и контроль) решается с помощью согласованных действий системы эпидемиологического надзора и социально-гигиенического мониторинга, что позволяет обеспечить экономичность и эффективность работы санитарно-эпидемиологической службы города по профилактике и борьбе с инфекционными болезнями.

Созданная в 2005 году Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, как новая структура государственного санитарно-эпидемиологического надзора, остается важнейшим механизмом обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения. В ходе реорганизации санитарно-эпидемиологической службы серьезное внимание уделено сохранению целостности системы СГМ и обеспечению межведомственной координации.

Издано новое постановление Правительства Российской Федерации от 02.02.06 № 60 «Об утверждении Положения о проведении СГМ», сделавшее акцент на получении конечных результатов – разработку гигиенических рекомендаций и оздоровительных мероприятий, базирующихся на проведении работ по оценке риска.

В настоящее время на базе ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» и его филиалов в административных округах сформированы базы данных, содержащие многолетнюю информацию об инфекционной, неинфекционной заболеваемости, медико-демографической ситуации, санитарно–гигиеническом состоянии атмосферного воздуха, воды, качестве и безопасности продуктов питания.

Разработка и внедрение современных информационных технологий позволило изменить качественное состояние анализа причинно-следственных связей в системе «среда-здоровье», в том числе с использованием электронного картографирования на основе ГИС-технологий. Социально-гигиенический мониторинг, как основной источник информации о процессах изменений состояния здоровья населения и среды обитания, приобрел еще большее значение.