Отдел гигиенической подготовки создан в 2007. Однако работа по профессиональной гигиенической подготовке так называемых декретированных контингентов – должностных лиц и работников организаций, характер деятельности которых связан с производством, хранением, транспортировкой и реализацией пищевых продуктов и питьевой воды, коммунальным и бытовым обслуживанием населения, обучением и воспитанием детей и подростков, была начата существенно раньше: в марте-апреле 1997 г. научно-методическим отделом Центра Госсанэпиднадзора в г. Москве были разработаны первые инструктивно-методические документы, регламентирующие организацию и проведение профессиональной гигиенической подготовки в новых экономических условиях, а также подготовлен проект распоряжения Мэра Москвы «О введении личной медицинской книжки единого образца». В начале лета 1997 были оформлены первые личные медицинские книжки и организовано постоянное проведение внеочередной гигиенической аттестации на базе Центра госсанэпиднадзора в городе Москве, центров госсанэпиднадзора в административных округах.

В ноябре 1997 в составе научно-методического отдела создано отделение гигиенической подготовки декретированных контингентов,  которое в январе 1998 г. вошло в состав вновь созданного отдела лицензирования и организации санитарно-эпидемиологических экспертиз.

В ходе реорганизации Госсанэпидслужбы  в 2005 г. отделение вошло в состав отдела организации санитарно-эпидемиологических экспертиз ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве», а с 2007 г. стало самостоятельным структурным подразделением Центра.

За 11 лет работы специалистами отдела разработаны принципы организации и проведения профессиональной гигиенической подготовки, которые легли в основу федеральных нормативных документов. Разработаны 15 наименований учебных пособий для самостоятельной подготовки работников к гигиенической аттестации, утвержденных на федеральном уровне, организовано оформление личных медицинских книжек посредством распечатывания на принтере, создан и ведется единый Реестр выданных личных медицинских книжек и результатов профессиональной гигиенической подготовки (компьютерная база данных). Организован контроль за полнотой, своевременностью и достоверностью прохождения профилактических медицинских осмотров работниками из числа декретированных контингентов. Создана и действует система сбора и анализа сведений о результатах предварительных и периодических профилактических медицинских осмотров.

В целях совершенствования созданной в учреждениях санэпидслужбы Москвы системы профессиональной гигиенической подготовки и медицинских обследований организовано прохождение этих профилактических мероприятий по принципу «одного окна» на базе медицинских организаций, имеющих  соответствующие лицензию, условия и специалистов, во взаимодействии со специалистами отдела гигиенической подготовки.

В настоящее время отдел взаимодействует с 15 медицинскими центрами, ежегодно обеспечивает проведение профессиональной гигиенической подготовки 600 тысяч работников и охват профилактическими  медицинскими осмотрами около 1 млн. человек.

С момента создания отделения гигиенической подготовки его бессменным руководителем является Летучих Евгения Викторовна, в настоящее время – заведующая отделом гигиенической подготовки ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве». 

Под ее руководством налажена работа по профессиональной гигиенической подготовке на территории Москвы, в том числе подразделений филиалов Центра в административных округах, установлены численность и структура декретированных контингентов в г. Москве, структура и уровни инфекционной заболеваемости последних, разработана и реализована эффективная система интеграции профессиональной гигиенической подготовки и профилактических медицинских осмотров.

Летучих Е.В. совмещает основную работу с преподавательской деятельностью в государственном учебном центре «Профессионал» и на кафедре общественного здоровья и здравоохранения РУДН, имеет степень кандидата медицинских наук по специальности «общественное здоровье и здравоохранение».

Идейным вдохновителем и организатором работы по профессиональной гигиенической подготовке и контролю за проведением профилактических медицинских осмотров декретированных контингентов стал первый заместитель главного врача ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Москве» Хизгияев Владимир Исайевич, возглавлявший в 1997-2004 гг. отделы, в состав которых входило отделение гигиенической подготовки. Под его руководством происходило становление отделения, созданы подразделения гигиенической подготовки в центрах госсанэпиднадзора в административных округах, с его непосредственным участием разрабатывались основные нормативные и инструктивно-методические документы, регламентирующие деятельность по профессиональной гигиенической подготовке. Хизгияев В.И. является инициатором организации взаимодействия с лечебно-профилактическими учреждениями и медицинскими организациями в части проведения профилактических медицинских осмотров и профессиональной гигиенической подготовки в режиме «одного окна».